Der Verein Pfadihuus wurde im Oktober 2006 von ehemaligen Pfadfindern gegründet, um das Pfadihuus zu betreiben. Im Vordergrund steht dabei der Unterhalt, die Verwaltung, die Nutzung und die Werterhaltung des Hauses. Priorität hat dabei die Pfadiabteilung Wartensee mit ihren Bedürfnissen und Zielen. Der Verein ist konfessionell und politisch neutral.
Der Vereinsvorstand koordiniert mit der Pfadi die Vermietungen, hält das Haus in Schuss, organisiert Holz für Heizung und Feuerstellen und pflegt die Umgebung. Neben der jährlichen Generalversammlung gibt es auch einzelne Vereinsanlässe, bei welchen es vor allem ums gemütliche Zusammensein im Pfadihuus Neuenkirch geht.
Der Verein zählt rund 100 Mitglieder, welche sich aus ehemaligen Pfadis, Eltern von Pfadis, aber auch aus Sympathisanten und Bekannten von Pfadis und Vereinsmitgliedern zusammensetzt. Die Mitgliedschaft ist für alle offen (siehe Mitglied werden) und bietet auch die Möglichkeit, das Pfadihuus zu vergünstigten Konditionen zu mieten.